Саутгемптон «Саутгемптон» основали в 1885 году члены Молодежной Ассоциации церкви Святой Девы Марии. Свое название «Саутгемптон» получил в 1897 году и носит его по нынешний день. Свои игры «Саутгемптон» проводила на стадионе «Дэлл» в период с 1898 по 2001 год, но в 2001-м «Саутгемптон» переехал на новый стадион «Сэнт-Мэри’с», который вмещает 32 тысячи зрителей.

В 1894 году «Саутгемптон» присоединился к Южной лиге, в которой шесть раз становился чемпионом: в 1897, 1899, 1901, 1903 и 1904 годах. В футбольную лигу команда вошла в 1920 году как член-основатель Дивизиона 3. Там «Саутгемптон» в 1922 году стал чемпионом. До этого времени команда успела поучаствовать в двух финалах Кубка Англии в 1900 и 1902 годах, но оба раза не смогла выиграть трофей. В 1922 году «Саутгемптон» выходит во Второй дивизион, в котором играет до 1953 года. Дальше наступает спад в игре и команда вновь играет в Третьем дивизионе до 1960 года.

В «Саутгемптоне» в начале 60-х заиграли такие звезды как Альф Рэмси, Тэрри Пэйн, Мик Чэннон, Мартин Чиверс. Во многом благодаря их игре в 1966 году клуб впервые в своей истории вышел в Первый дивизион, где провел семь лет.

Последующее десятилетие было наиболее успешным для «Саутгемптона». Команда вновь вернулась в Первый дивизион в 1978 году. В 1979 году она играет в финале Кубка Лиги, но уступает «Ноттингэм Форэст». В 1984 году «Святые» под руководством тренера Лоури МакМэнеми заняли второе место в чемпионате, лишь в последних турах пропустив вперед «Ливерпуль».

«Саутгемптон» — один из клубов-основателей Премьер-лиги, которая была создана из команд Первого дивизиона 1992 году. Наивысшим показателем в ней было 8 место в сезоне-2002/03.

В сезоне-2004/05 «Святые» покинули высший эшелон. В Чемпион-лиге футболисты «Саутгемптона» заиграли не лучше и в сезоне-2008/09 чуть не вылетели в Лигу 1. К тому же в следующем сезоне клуб чуть не объявили банкротом, и он впервые с 1960 года вылетел в третий по уровню эшелон. В 2009 году команду приобретает швейцарский миллиардер Маркус Либхер, который провозглашает стратегию на возвращение «Саутгемптона» в Премьер-лигу.

«Саутгемптон» воспитал таких грандов английского футбола как Тим Флауэрс, Алан Ширер, Ле Тиссье и восходящих звезд — Тео Уолкотт и Гарет Бейл.